1946年5月底，洪学智从四平的前线撤回，紧急接到命令，被调任至后方，担任黑龙江军区的司令员，负责剿匪工作。在当时的特殊情况下，上级决定将他从前线调回后方，主要是因为后方形势的复杂和严峻。剿匪的工作一直未能实现根本性的突破，调任洪学智旨在希望他能有效清除匪患，以便能够维护一个安全的后方，这样才能支援前线的战斗。
黑龙江地区隶属于北满，虽然该区域的五个省份已被我军控制，但匪患问题尤为严重。这些匪徒并不仅仅是普通的土匪，而是与国民党正规军有联系的政治匪帮。1946年，敌军占据了主要的大中城市，而我军则采取让道路开放，集中力量占领小城镇和乡村，通过发展和动员地方百姓来建立稳固的根据地。如果缺乏稳定的根据地，前线战斗将无从立足，而后方则是前线的坚实保障，必将提供粮草与兵员的支援。
在刚刚结束的四平保卫战后，我军不得不撤离四平，这个曾经占领又失去的战略要地。北满地区依靠着苏联，地理位置显得格外重要，虽然土匪众多，但没有敌立正规军，处理这些土匪相对更为容易。调动洪学智去剿匪，是由于他在东北初期剿匪期间，于通辽地区获得过胜利。虽然前方战斗十分重要，但此时更应关注和巩固后方据点的建设。
当时，黑龙江军区和合江军区面临的匪患尤为严重。合江军区经过八个月的剿匪行动，虽然消灭了七千多名敌人，并扩大了武装力量，但依然未能触及土匪的根本。四大土匪头目依旧自由，尚未被捕或剿灭，他们随时可能卷土重来。因此，上级决定调任剿匪经验丰富的贺晋年，从张家口转至合江担任司令。就这样，两个军区的主将都进行了更换。
展开剩余60%黑龙江军区的前任司令叶长庚乃是红三军团的老将，拥有深厚的资历。可他的剿匪工作却显得步履维艰，主要是由于部队实力薄弱和对剿匪经验的不足。尽管叶长庚在任内扩编了三个支队，并调来了部分骨干力量，但战斗力仍然令人担忧，大多数都是曾经的劳动者，如林业和采矿工人，在战斗中经验不足，且部队分散，军区能够灵活调动的兵力仅有三个连。
洪学智上任后，带领原新四军第三师的特务团前往执行剿匪任务。正规军的介入让敌人感到意外。洪学智到达后，迅速包揽了匪患最为严重的区域，而将其他区域的剿匪任务交由副司令负责。他运用了三种手段来对付土匪：军事打击、动员土匪的家属进行劝导、进行政治上的瓦解，并积极发动群众，建立地方民兵组织。
在军事攻击方面，为了防止敌人逃窜到其他辖区，洪学智与嫩江军区通报信息，进行合围。与土匪遭遇的过程中，敌人狂妄叫嚣，但洪学智迅速采取反击措施，摧毁敌方后方基地，使土匪难以立足。同时，他还指挥着其他主力部队，与嫩江军区联合行动，在八个月内成功俘获了最大的土匪头领刘山东，完成剿匪任务。
关于洪学智空降黑龙江剿匪的事情，叶长庚在其回忆录中并没有详细记录，反而提到在1948年底，随着辽沈战役的结束，自己被调往担任50军副军长，洪学智被指派接替军区司令，并特意前去送行。然而，实际上叶长庚的信息有误。洪学智在1947年春季完成剿匪后，便被调往六纵担任司令，后来又成为上干大队的队长。在辽沈战役之后，他跟随部队入关，再次出任六纵的司令员。
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